W roku 1995 nastąpiło przekształcenie Biura z przedsiębiorstwa funkcjonującego jako zakład w strukturach Polskiego Górnictwa Naftowego i Gazownictwa w Spółkę Akcyjną. Przełom ten stał się impulsem do wprowadzenia zmian, służących lepszej organizacji w zakresie realizacji potrzeb klientów. Ukoronowaniem tych działań było wdrożenie i certyfikowanie w roku 1998 i 1999 kolejno systemów zarządzania wg standardów:
- system zarządzania jakością ISO 9001,
- system zarządzania środowiskowego ISO 14001.
W latach 90. podjęto realizację zadań inwestycyjnych, które zmieniły standardy branżowe oraz wyznaczyły kierunek zmian w ustawodawstwie:
- gazociąg wysokiego ciśnienia relacji Gustorzyn-Gostynin – po raz pierwszy zaprojektowano oraz wykonano gazociąg, w którym maksymalne ciśnienie wynosiło 8,4 MPa (wcześniej 6,3 MPa); zastosowano nowy materiał na rury, obniżono grubość ścianki dla gazociągów wys. ciśnienia, zastosowano nową metodę spawania oraz badania spoin, nowe rodzaje łuków oraz nowe technologie izolacji.
- podziemny magazyn gazu w kawernach solnych w Mogilnie – pierwszy magazyn w kawernach solnych w Polsce. Na realizację inwestycji pozyskano pieniądze z Banku Światowego. Gazoprojekt występował w charakterze rzeczoznawcy oraz eksperta technicznego podczas realizacji inwestycji, opracowano założenia techniczno-ekonomiczne, specyfikacje techniczne oraz opinie eksperckie do wykonanych projektów.
- system gazociągów tranzytowych tj. gazociąg Jamał-Europa oraz 5 tłoczni gazu – gazociąg o największej do tej pory w Polsce średnicy 1400 mm. Gazoprojekt opracował założenia techniczno – ekonomiczne, projekty wstępne, budowlane, wykonawcze oraz pełnił nadzór autorski nad realizacją inwestycji. Gazociąg oraz tłocznie gazu zostały zaprojektowane w oparciu o najnowsze technologie, wykonano obliczenia wytrzymałościowe stosując najnowocześniejsze oprogramowanie, wykonano projekty prób hydraulicznych.
